Sesuai amanah Undang-Undang Guru dan Dosen No. 14 tahun 2005 pasal 60 maka dosen berkewajiban melaksanakan pendidikan, penelitian, dan pengabdian pada masyarakat. Khusus berkenaan dengan penelitian, di UNY semula dipusatkan di Lembaga Penelitian dan Pengabdian pada Masyarakat Universitas Negeri Yogyakarta. Namun sejak tahun 2009, UNY telah menerapkan kebijakan otonomi sehingga memberi kewenangan kepada setiap fakultas untuk mengelola kegiatan penelitian yang dibiayai sendiri oleh fakultas.